Carlos Miguel entrou para a história do Palmeiras na Libertadores. O goleiro defendeu duas cobranças na disputa de pênaltis contra a LDU, que classificaram o Alviverde para as semifinais do torneio , e igualou um feito que pertencia apenas a Marcos na competição.
Ele se tornou apenas o segundo goleiro na história do Alviverde a defender dois ou mais pênaltis em uma disputa na Libertadores.
Marcos, no entanto, conseguiu o feito três vezes, e, em dois desses jogos, ele defendeu três penalidades: em 2000, 2001 e 2009. Leia também Esportes Abel Ferreira diz que Carlos Miguel pode ser um dos melhores do Brasil Esportes Nos pênaltis, Palmeiras bate LDU e avança para semifinal da Libertadores Jogos em que Marcos pegou dois ou mais pênaltis pelo Palmeiras na Libertadores
Palmeiras 3 x 1 Peñarol — Libertadores 2000: Marcos defendeu 2 pênaltis. O Palmeiras venceu a disputa por 3 x 2;
Cruzeiro 2 x 2 Palmeiras — Libertadores 2001: Marcos defendeu 3 pênaltis. O Palmeiras venceu por 4 x 3;
Sport 1 x 0 Palmeiras — Libertadores 2009: Marcos defendeu 3 pênaltis. O Palmeiras venceu a disputa por 3 x 1.